在绝地潜兵宇宙中，有一群志存高远的战士，他们用英勇的行动、凭借一腔发自内心的坚定爱国信念，抵御来自巨型虫族怪物的酸液攻击。游戏编剧Stephen Flowers表示：我个人比较喜欢为带有喜剧色彩的游戏编写剧本，最好别太一本正经。这样的一款游戏则正是…
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《绝地潜兵》的故事发生后……
《绝地潜兵2》发生在前作的故事结束一个世纪后，超级地球已击溃致命的虫型怪物终结族、畸形的生化人和神秘的光能者等敌手，然后成功崛起。平定劲敌并在星系战争中取得胜利后，一个和平与繁荣的时代随之而来。超级地球的精英战队“绝地潜兵”因而解散。
超级地球曾英勇解放光能者，并获得超光速移动技术。超级地球借助该技术向星系的各个角落挺进，就此展开星系拓殖。超光速技术依赖于710元素这种宝贵物质的稳定供应，幸运的是，在终结族腐化的尸体中可以获取这种物质。自然而然地，超级地球开始以工业化的规模大举养殖终结族。
超级地球为何急需你的驰援
在一起震惊的意外事件中，终结族从养殖场的藩篱下逃逸，叛逃的种子遍及整个星系。超级地球武装部队一直在全力将虫族隔离在农场星球上，但日益力不从心。因此，当神秘的新敌人加入战斗时，超级地球别无选择，只能再次集结起绝地潜兵。机器人是一群完全机械化、前所未见的战士，但它们的标志却出奇地眼熟……
现在一切靠你了，绝地潜兵，甩开披肩，一举夺回超级地球的拓殖地。你们将在两条战线之上，与这些憎恨自由的邪恶敌人展开鏖战，与此同时，超级地球也将努力制定结束终结族灾害的解决方案。
履行职责
当绝地潜兵与超级地球的敌人展开战斗时，你不仅会改变整个星系的面貌，也会改写它的历史。超级地球将下达紧迫的全球重要指令，向全体玩家发出挑战，号召大家协力完成重大目标，而挑战结果将决定剧情的走向。也就是说，玩家不只是故事的体验者，更是故事的塑造者。正如 Stephen 指出的：
本作剧情的独特之处，就在于它的走向由玩家社区推动。策划这种设计是艰巨的挑战。我们对未来的剧情有一定的规划，但终究无法掌控玩家的行为。作为玩家，我认为这种设计很酷炫，但作为编剧，我却又深感棘手。至于故事未来的走向如何，只能说，几个月后，整个星系的面貌将与此刻大相径庭。
绝地潜兵能否团结一致，以寡敌众，捍卫重要的战略哨站，或者在另一个阵营采取行动前完成伟大的剧情任务？这一切只能靠时间，以及绝地潜兵的血汗和遍野的残躯来证明。
绵延的战火
超级地球夺取霸权的斗争远未结束，你作为绝地潜兵的未来一片光明！随着游戏内容不断扩展，游戏体验会越来越丰富。玩家在星系中参与战斗时，也将通过规划的免费更新见证事件的发展，这令我们兴奋无比。游戏的宇宙将会发展和变幻，为玩家带来耳目一新的全新玩法，推出新工具、新挑战以及来自星系各地的新威胁。